1、帶高溫滅菌程序的二氧化碳培養箱，又分為90度濕熱滅菌和140度以上干熱滅菌兩種。上海這圖生產的二氧化碳培養箱采用濕熱滅菌方式，濕熱滅菌的二氧化碳培養箱，不適于枯草芽孢桿菌一類的污染。140度以上的干熱滅菌程序，能殺滅所以微生物，但通常滅菌時需要取出箱體內的傳感器和過濾器等物品。（用0.2%新潔爾滅擦拭二氧化碳培養箱內壁2遍，再用75%乙醇擦拭1遍，加入滅菌的超純水，然后進行一次24-36小時90攝氏度濕熱滅菌，待溫度回復37攝氏度時使用。之后，二氧化碳培養箱不再進行額外的消毒滅菌）
2、調整出口壓力至0.08Mpa-0.12Mpa
3、定期(至少每兩周一次)，更換水盤內的無菌蒸餾水或無菌去離子水。在水盤內添加適量硫酸銅，配制方法：20g無水硫酸銅＋5ml濃硫酸＋1L滅菌純水。 夏季氣溫高時，水盤里加0.02％的疊氮鈉可以有效的預防真菌污染，水盤內添加適量抗生素。